In Meeresaquarien spielen – anders als in einem Süßwasseraquarium – Pflanzen eine eher untergeordnete Rolle. In einem Salzwasseraquarium übernehmen die Korallen – neben der dekorativen Aufgabe – auch praktische Funktionen, z.B. in der Filterung. Aber auch bestimmte Algenarten und Mangroven helfen, die Wasserwerte zu verbessern.
Mangroven haben im Meerwasseraquarium den selben positiven Effekt wie „normale“ Landpflanzen, die ins Wasser wachsen. Sie entziehen dem Wasser schädliche Stoffe wie z.B. Phosphat und tragen somit zu einer besseren Wasserqualität bei. Allerdings muss man beachten, das sie nicht nur Schadstoffe, sondern beispielsweise auch Magnesium verwerten.
Algen sind im Meerwasseraquarium nicht störend (wie beispielsweise im Süßwasseraquarium), sondern zum Teil durchaus erwünscht. Sie sind nicht nur ein attraktiver Blickfang, sondern entfernen hervorragend Nitrate und Phosphate und sorgen so dafür, dass das Aquarium biologischer läuft.